潛艇部隊在作戰(zhàn)方面由其兵種指揮官指揮。.但涉及到多兵種協(xié)同作戰(zhàn)計劃的問題，則由劉令飛和有關(guān)的太平洋艦隊各分艦隊司令本這著協(xié)商一致的原則加以解決。有些人的意見是，應(yīng)把潛艇部隊部署在盟軍艦隊駛往海上戰(zhàn)場所要通過的海域，尤其是海峽附近，而不應(yīng)把潛艇巡邏線設(shè)置在大洋上。