方尚書起點高，進步快，建文元年便當上了順天府尹，但因為坐罪充軍廣東，幸而后來在同鄉(xiāng)營救下，很快被召回復官。轉年今上入京師，他和侍郎劉俊等迎附，特見委用，進兵部侍郎。之后署理過數年兵部事，不過風評不是很好，聽說他善揣上意，頗恃寵貪恣，被幾位大佬聯(lián)名彈劾。不過他十分警覺，見事不好，便思暫避風頭。正逢朝廷設行在六部，無人愿意北上前往，朱棣大喜，不禁壓下了彈劾，還升他為二品尚書，將行在的人事大權盡數委托給他。