元神不同于魂魄，也不同于心智，魂魄衍生并決定了后天心智，而元神是先天神智，是不受后天心智控制的高等神智，元神被佛家稱之為慧根，元神在嬰兒出生之初控制嬰孩吃乳，呼吸，便溺，令嬰兒可以存活生長，待得嬰孩逐漸長大，后天心智慢慢健全，元神就隱退幕后，將肉身交予后天心智控制。