統(tǒng)帥部下面按軍種分設(shè)海陸空三軍總司令部，總司令皆由國(guó)防部長(zhǎng)即歐陽(yáng)云擔(dān)任。副司令級(jí)別的高級(jí)軍官方面，學(xué)兵軍入職的人員有，蔣光鼐任陸軍第三副總司令，楚天歌任陸軍第五副總司令，李鐵書任陸軍第二副總參謀長(zhǎng)；鐵林飛任空軍第二副總司令，王海任空軍第三副總司令；陳策任海軍第一副總司令，陳師昌任海軍第三副總司令，陳遠(yuǎn)洋任海軍第二副總參謀長(zhǎng)。三軍總司令部下面，是僅次半級(jí)的戰(zhàn)略司令部。歐陽(yáng)云提出成立戰(zhàn)略司令部，馮玉祥和李宗仁等人曾表示不解。而歐陽(yáng)云在一再囑咐他們保密，然后亮出最新型的地對(duì)地導(dǎo)彈以后，他們才明白了該單位的重要性。戰(zhàn)略司令部不僅轄制導(dǎo)彈部隊(duì)，而且還將全權(quán)負(fù)責(zé)反諜戰(zhàn)和情報(bào)工作，該單位成立以后，將會(huì)設(shè)兩個(gè)下屬部門，一為中央情報(bào)局，再就是戰(zhàn)略防御辦公室。戰(zhàn)略司令部總司令由木劍蝶擔(dān)任，常根則任中央情報(bào)局局長(zhǎng)，戰(zhàn)略防御辦公室主任則由顧戀云擔(dān)任。