在中華共和國的版圖中，新疆、西藏及青海是三個邊疆省份，也是三個不安定的省份。前清、宗教及外國勢力交織在一起，對中央就不那么恭順了。雖然成立了省級政府并派駐軍隊，但中央實際控制的地區(qū)很有限。這種局面由來已久，包括曾率湖湘健兒平定阿古柏叛亂的左文襄，也沒有真正統(tǒng)一新疆。北疆還好，南疆的宗教勢力一直很強，而且與俄國有著直接的聯(lián)系。前清時期對于新疆實際是采取羈縻懷柔政策，1915年，新疆議員曾提出建立自治區(qū)的提案，未獲通過。1916年，隨著中央強力推行土地方面的一系列政策并策劃成立新疆農(nóng)墾兵團，引發(fā)了中央與當?shù)貦?quán)貴的矛盾。加上由于+遠征軍征俄帶來的外交成果，被俄國控制的中亞地區(qū)政權(quán)擔心中國乘俄國內(nèi)亂而西進，加大了對新疆地區(qū)不滿中央政策的滲透和武裝支持，終于乘西北軍區(qū)兵力被大批抽調(diào)出國作戰(zhàn)之際爆發(fā)了武裝叛亂。叛亂由喀什發(fā)起，席卷南疆，大批的漢族官員被殺。叛軍最多時高達25萬，中央震動，隨即部署平叛。