不過后來，因為信奉天主教的日本平民屢屢造反作亂，德川幕府在殘酷鎮(zhèn)壓了這些天主教徒之余，對信奉天主教、而且熱衷傳教的葡萄牙和西班牙商人也充滿了排斥和戒備的心里。在幕府的主導(dǎo)下，日本的對西洋貿(mào)易慢慢地轉(zhuǎn)向了以新教徒為主，不那么在乎宗教的荷蘭人手中，長崎港的西洋商船也大多數(shù)以荷蘭商船為主了。