隨著陸軍部的組建,段永清的工作地點也從天津調(diào)至了北京,“如愿以償”地進入了陸軍部的核心部門。軍令司是司令機關(guān),任何對于清軍(主要是新軍)的調(diào)動、演習(xí)、作戰(zhàn)等任務(wù)都由軍令司發(fā)布。相比于主管人事的軍政司,軍令司是段永清更為理想的工作地點。