在中華共和國(guó)的版圖中，新疆、西藏及青海是三個(gè)邊疆省份，也是三個(gè)不安定的省份。前清、宗教及外國(guó)勢(shì)力交織在一起，對(duì)中央就不那么恭順了。雖然成立了省級(jí)政府并派駐軍隊(duì)，但中央實(shí)際控制的地區(qū)很有限。這種局面由來(lái)已久，包括曾率湖湘健兒平定阿古柏叛亂的左文襄，也沒(méi)有真正統(tǒng)一新疆。北疆還好，南疆的宗教勢(shì)力一直很強(qiáng)，而且與俄國(guó)有著直接的聯(lián)系。前清時(shí)期對(duì)于新疆實(shí)際是采取羈縻懷柔政策，1915年，新疆議員曾提出建立自治區(qū)的提案，未獲通過(guò)。1916年，隨著中央強(qiáng)力推行土地方面的一系列政策并策劃成立新疆農(nóng)墾兵團(tuán)，引發(fā)了中央與當(dāng)?shù)貦?quán)貴的矛盾。加上由于+遠(yuǎn)征軍征俄帶來(lái)的外交成果，被俄國(guó)控制的中亞地區(qū)政權(quán)擔(dān)心中國(guó)乘俄國(guó)內(nèi)亂而西進(jìn)，加大了對(duì)新疆地區(qū)不滿中央政策的滲透和武裝支持，終于乘西北軍區(qū)兵力被大批抽調(diào)出國(guó)作戰(zhàn)之際爆發(fā)了武裝叛亂。叛亂由喀什發(fā)起，席卷南疆，大批的漢族官員被殺。叛軍最多時(shí)高達(dá)25萬(wàn)，中央震動(dòng)，隨即部署平叛。