軍事參謀部下轄禁營軍（都指揮使趙虎）、靖江水師（都指揮使葛存雄）、南陽行營（長山軍都指揮使敖滄海）、荊州行營（崇城軍都指揮使周周）、東南水師（都指揮使趙青山兼制閩東行營軍）、壽州行營（鳳離軍都指揮使寧則臣）及徐州行營（淮陽軍都指揮使劉妙貞）、濟州行營（原海東行營軍都指揮使馬一軾）、靖海水師（都指揮使葛存信）及騎營第一鎮(zhèn)師都指揮使周普、第二鎮(zhèn)師都指揮使李良、第三鎮(zhèn)師都指揮使孫壯、登海鎮(zhèn)師制軍陳漬……