倭寇并非起于嘉靖朝，但嘉靖朝倭患最烈。倭患的直接起因是海禁。嚴嵩對倭寇的政策是與夏言是不同的。夏言重作首輔時，主張像對待北虜那樣以強硬手段剿滅倭寇，嘉靖二十六年他推薦朱紈總督閩浙倭亂事。朱紈在閩浙大肆屠戮，矛盾大為激化，而利益受損的官宦交章彈劾，朝中又失去夏言的支持，他擔心會受到懲罰和屈辱，而不得不含憤自殺。嚴嵩推薦趙文華督察軍務，頗有建樹。徐學謨《世廟識余錄》稱：“……文華一出，以貪狠故，督撫諸臣，皆畏之如虎，不敢不效命恐后，始問立戰(zhàn)功?！痹谮w文華的整治下，軍隊已有了一定的戰(zhàn)斗力，對平定倭患起了一定作用。更為重要的是，趙文華認為海上貿易關系國計民生，應受到國家保護，使之合法化。嚴嵩對倭寇的政策在趙文華那里得到最好體現。趙文華又啟用抗倭名將胡宗憲，先后又網羅了一批將才，如戚繼光、俞大猷、劉顯、譚綸、唐順之、王崇古、盧鏜等等，他們對平定嘉靖后期的倭患起了十分重要的作用。這說明嚴嵩對北虜南倭的政策于國是有功的，至少并無大錯。